Tujuan penelitian ini menganalisis tentang Kepemimpinan dan Inovasi Kependidikan pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta dan untuk menambah khazanah keilmuan penelitian tentang Kepemimpinan dan Inovasi Kependidikan pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta di Provinsi Jambi. Penelitian menggunakan pendekatan penelitian kualitatif deskriptif dengan studi kasus dua IAI di Provinsi Jambi. Teknik pengumpulan data dilakukan dengan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Tempat penelitian adalah IAI Yasni Muaro Bungo dan IAI Tebo. Subjek penelitian meliputi Rektor IAI, dosen dan staf. Hasil penelitian ini adalah kepemimpinan perguruan tinggi dalam melakukan inovasi kependidikan PTAIS di Provinsi Jambi dengan cara menerapkan beberapa pola kepemimpinan, mengoptimalkan potensi internal dan eksternal kampus, menerapkan strategi unggulan bagi dosen dan mahasiswa dan menerapkan komunikasi aktif pimpinan dengan pegawai kampus. Kendala kepemimpinan dalam melakukan inovasi kependidikan PTAIS di Provinsi Jambi adalah SDM dosen, fasilitas yang terbatas dan anggaran yang belum memadai untuk membantu kegiatan perkuliahan bermutu. Upaya kepemimpinan dalam melakukan inovasi kependidikan adalah membentuk struktur kerja yang sistematis, menjelaskan deskripsi pekerjaan secara jelas, melakukan kerja sama dan studi banding dengan institusi pendidikan dan pemerintah baik swasta maupun negeri, merancang kurikulum berbasis KKNI, memberikan kesempatan bagi dosen untuk melanjutkan studi S3 dan mengikuti program sertifikasi, serta memberikan pelatihan dan seminar penelitian sekaligus pengabdian masyarakat. Kesimpulan penelitian adalah kepemimpinan sudah mampu melakukan inovasi kependidikan PTKIS di Provinsi Jambi, namun masih belum sesuai dengan standar dan masih perlu ditingkatkan.